位點(diǎn)
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位點(diǎn)（Locus：Loci as pl）：染色體上一個(gè)基因或者標(biāo)記的位置。位點(diǎn)有時(shí)特指DNA上有表達(dá)功能的部分。
優(yōu)勢(shì)效應(yīng)
某些限制性?xún)?nèi)切酶對(duì)同一底物的不同位點(diǎn)切割效率不同，這種現(xiàn)象被稱(chēng)為內(nèi)切酶的位點(diǎn)優(yōu)勢(shì)效應(yīng)。1975年，Thomas和Davis發(fā)現(xiàn)EcoRI并不是隨機(jī)切割λDNA分子上的5個(gè)識(shí)別位點(diǎn)，其中對(duì)λDNA右側(cè)位點(diǎn)的切割速率比中間位點(diǎn)快10倍。Forsblum等發(fā)現(xiàn)EcoRI對(duì)腺病毒-2不同位點(diǎn)的切割速率不同。Nath和Azzolina則發(fā)現(xiàn)EcoRI和HindIII對(duì)λDNA不同位點(diǎn)的切割速率有10倍和14倍的差別。Brown和Smith則發(fā)現(xiàn)HgaI對(duì)?X174某些位點(diǎn)的切割效率明顯要高于其它位點(diǎn)。Gingeras和Brooks報(bào)道，腺病毒-2上的CTCGAG序列很難被PaeR7I切割，卻很容易被PaeR7I的同裂酶XboI切割，這是一個(gè)相鄰序列影響切割效率的典型例子，CTCGAG5′末端的CT序列降低了切割效率。以上實(shí)例中，甲基化不是影響切割速率的因素。
某些酶只能切割有兩個(gè)識(shí)別序列的底物DNA分子。例如，BspMI、SfiI和NgoMIV為同源四聚體蛋白，它們結(jié)合2個(gè)識(shí)別序列，并同時(shí)切開(kāi)4個(gè)磷酸二酯鍵。這些酶的底物DNA分子上必須有兩個(gè)識(shí)別位點(diǎn)，當(dāng)只有一個(gè)識(shí)別序列時(shí)，切割就變得相當(dāng)困難。這種現(xiàn)象雖不是很普遍，但在IIs型內(nèi)切酶中還是相當(dāng)常見(jiàn)的。這些酶通常情況下為單體，但切割兩條鏈時(shí)會(huì)很快結(jié)合形成二聚體。這些酶包括FokI、BsgI、BpmI和MboII。另外一些酶，如EcoRII和NaeI所需的兩個(gè)識(shí)別位點(diǎn)中，一個(gè)位點(diǎn)作為目標(biāo)被切割，另一位點(diǎn)作為變構(gòu)因子協(xié)助切割。對(duì)這些酶而言，第二個(gè)協(xié)助切割的位點(diǎn)可以在底物DNA上，也可以以寡核苷酸的形式存在。HpaII、NarI和SacII在某些底物的一些位點(diǎn)切割效率很低，或是干脆無(wú)法切開(kāi)，其作用機(jī)制尚不明了。
限制性?xún)?nèi)切酶的一些特性可引起位點(diǎn)優(yōu)勢(shì)效應(yīng)。例如，只有一個(gè)識(shí)別位點(diǎn)的質(zhì)粒很難被NaeI、NarI和BspMI切開(kāi)。pBR322有四個(gè)NarI識(shí)別位點(diǎn)，在標(biāo)準(zhǔn)條件下，1單位的NarI在1小時(shí)內(nèi)可完全切開(kāi)其中的兩個(gè)位點(diǎn)，而即使加入50單位的NarI過(guò)夜消化16小時(shí)也不能將另外的兩個(gè)位點(diǎn)完全切開(kāi)。同樣地，pBR322的四個(gè)NaeI識(shí)別位點(diǎn)中，有兩個(gè)很容易被切開(kāi)，第三個(gè)被切開(kāi)的速率較慢，而剩下的一個(gè)最難，切割速率僅為前者的1/50。NarI和NaeI在λDNA上各有一個(gè)識(shí)別位點(diǎn)，但即使加大酶的用量，它們也只能部分切開(kāi)λDNA。SacII在λDNA上有4個(gè)識(shí)別位點(diǎn)，其中3個(gè)位于序列中間，這些位點(diǎn)的切割速率是剩下的那個(gè)靠近右末端位點(diǎn)(第40,386堿基)的50倍。因此這些酶的活力單性的定義均以腺病毒-2為底物，它們?cè)谙俨《?2上有10個(gè)以上的識(shí)別位點(diǎn)。例如，NarI或NaeI的活性單位定義為：50 μl反應(yīng)體系，1小時(shí)內(nèi)完全切割1 μg 腺病毒-2 DNA所需要的酶量?！ ?/p>
特異性重組形成
site-specific recombination 位點(diǎn)特異性重組：重組的一類(lèi)，只發(fā)生在特異DNA區(qū)域，有短的同源順序，重組的蛋白不是rec 系統(tǒng)而是int 等，如噬菌體l 的定點(diǎn)插入?！ ?/p>
特異性重組特點(diǎn)
我們可以看到，同源重組一般都在染色體內(nèi)仍按DNA序列的原來(lái)排列次序。但是在所謂位點(diǎn)特異性重組（site-specific recombination）中，DNA節(jié)段的相對(duì)位置發(fā)生了移動(dòng)，從而得到不同的結(jié)果─DNA序列發(fā)生重排。位點(diǎn)特異性重組不依賴(lài)于DNA順序的同源性（雖然亦可有很短的同源序列），而依賴(lài)于能與某些酶相結(jié)合的DNA序列的存在。這些特異的酶能催化DNA鏈的斷裂和重新連接，它們能發(fā)動(dòng)位點(diǎn)特異性重組作用.而在同源重組中，DNA鏈的切斷完全是隨機(jī)的，結(jié)果暴露出一些能與RecA這樣的蛋白質(zhì)相結(jié)合的順序，從而發(fā)動(dòng)交叉重組。λ噬菌體DNA能通過(guò)重組作用整合進(jìn)E.coli染色體的特異位點(diǎn)，成為前病毒（provirus，或稱(chēng)前噬菌體，prophage）。λ的整合作用有兩個(gè)特點(diǎn)：①這種交換是可逆的，原先存在的DNA順序全部被保存下來(lái)，并無(wú)丟失；②噬菌體和細(xì)菌的DNA之間有一段很短的同源序列，重組交換必須通過(guò)其中的一個(gè)特定的核苷酸。這兩個(gè)特點(diǎn)也就是位點(diǎn)特異性重組的共同特點(diǎn)。
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